Virusul PRRSV (sindromul respirator porcin si reproductiv) are caracteristici importante care contribuie la reapariția constantă a bolii în fermele de porci, ducând la probleme de sănătate și pierderi economice considerabile. Una dintre aceste caracteristici este capacitatea sa de a muta rapid și, potențial, de a deveni mai severe și/sau chiar de a infecta animalele anterior „imune”cu diferite variante de PRRSV.
Iată de ce, pentru a cunoaște „tipul” de PRRSV prezent la o fermă – fie că este un virus epidemic nou sau un virus „rezident” – se analizează adesea genomul PRRSv.
O parte semnificativă a PRRSV, gena ORF5, este de obicei secvențializată pentru a înțelege unde este evolutiv virusul și cum se compară cu virușii detectați anterior în fermă sau în regiune.
Informațiile furnizate de secvențierea PRRSV au fost utilizate pe scară largă în domeniu pentru:
- ce virus cauzează problemele
- concentrarea asupra originii epidemiei
- diferențierea tulpinilor de vaccin de tulpinile „rezidente”/nou introduse
- pentru alegerea vaccinurilor etc.
Este suficientă secvențierea unui eșantion?
Secvențierea PRRSV nu este ieftină, motiv pentru care se realizează de obicei în „situații speciale” și nu de rutină (de exemplu, când apar noi focare, etc.) În plus, în aceste situații, în marea majoritate a cazurilor studiate pentru diagnostic se iau probe prelevate din fermă.
De cele mai multe ori, medicii veterinari, producătorii și alt personal din domeniul sănătății animale folosesc informații dintr-o singură secvență pentru a trage concluzii importante cu privire la originea virusului (în special în cazul noilor focare), pentru a ghida investigațiile focarelor și pentru a informa intervențiile viitoare.
În studiul francezilor de la Le National Pork Board, s-a dorit sa se confirme că, dacă am secvențiat mai multe probe prelevate în aceeași zi, toate ar furniza aceeași secvență sau secvențe suficient de apropiate pentru a fi considerate din aceeași linie virală.
Studiul a urmarit, de asemenea, secvențierea întregului genom (WGS) împreună cu secvențierea ORF5 pentru a vedea dacă se pot obține mai multe informații. WGS ar putea avea avantajul de a furniza informații despre întregul virus, în timp ce ORF5 este folosit în mod tradițional, dar oferă doar o parte din poveste. Cu toate acestea, deoarece secventierea este o dezvoltare relativ nouă și poate fi costisitoare (în Statele Unite costă de aproximativ trei ori mai mult decât secvențierea ORF5), încă se învață cum să o interpretăm, iar „baza de date” pentru comparație este mult mai mică decât cel al ORF5.
“Având în vedere rata rapidă de mutație a PRRSV și dimensiunea mare a fermelor moderne de porci, am putea găsi mai multe linii de PRRSV într-un singur eveniment de prelevare, ceea ce ar fi îngrijorător” se spune in raport.
Un rezumat grafic al raționamentului studiului este prezentat în graficul de mai jos.
Ilustrarea unui exemplu de abordare comună actuală pentru determinarea variantei PPA în cadrul unui stol (panoul din stânga) și evaluarea pe care o propunem pentru a determina variabilitatea virus-urilor rezidente (panoul din dreapta).
Cercetări asupra numărului de tulpini de PRRSV care pot fi găsite în ferme
Au fost incluse cinci ferme în studiu,( 3 ferme de scroafe și 2 ferme de îngrășare)și s-au colectat probe lunare timp de aproximativ un an folosind diferite tipuri de probe (răzuire amigdalelor, fluide orale,etc). Au fost luate întotdeauna mostre din aceleași locații, răspândite în întreaga unitate, pentru a încerca să se obțina o reprezentare cât mai completă. Au fost colectate până la 16 probe pe sit în fiecare lună, toate fiind analizate.
Ce s-a găsit?
Cel mai important rezultat alstudiului este că, în condiții de câmp, s-au putut detecta până la trei linii diferite de PRSSV în timpul unui singur eveniment de eșantionare în fermele de reproducție și până la două în îngrășare.
“Am observant că, în cazul studiului nostru, probele de lichid oral au fost foarte greu de secvențial, în timp ce procesarea fluidelor a fost cea mai ușoară. Deoarece ambele sunt probe „compozite”, acest lucru ar putea fi explicat prin valorile Ct mai mari, care indică o cantitate mai mică de virus în fluidele orale decât în fluidele de procesare. Am încercat să efectuăm WGS, dar în cele din urmă nu am reușit să obținem secvențe complete ale genomului din oricare dintre probele noastre. Credem că acest lucru se poate datora tipurilor de mostre utilizate, dar sunt necesare mai multe cercetări în acest sens”.
Concluzia: Aceste rezultate arată cât de important este să luăm în considerare secvențierea mai multor mostre atunci când luăm decizii importante, deși suntem conștienți că acest lucru va duce la costuri mai mari.
Autor
Urmărește știrile PSNews.ro și pe Google News
